Перші заклади з охорони дитинства на Чернігівщині функціонували з 1923 року: дитяча терапевтична лікарня на 100 ліжок (25 медпрацівників), дитяча інфекційна лікарня на 100 ліжок (50 медпрацівників), амбулаторія–поліклініка на 150 відвідувань (21 працівник). У 1940 році в області працювало 58 лікарів– педіатрів, з них у сільській місцевості – 16.
Після визволення області від фашистських окупантів у вересні 1943 року при міській лікарні створюється дитяче відділення, завідувачкою якого стала Віра Миколаївна Тернова.
У районних лікарнях створюються дитячі відділення, проводиться підготовка кваліфікованих медичних працівників.
В серпні 1950 р. на базі міської лікарні №1 для дорослих запрацювало обласне дитяче відділення на 25 соматичних ліжок, яке очолила Лідія Федорівна Лук’янчук. Воно мало лише 2 великі палати, ізолятор, ординаторську та маніпуляційну. З часом відділення розширилося і в 1953 р. стало складовою частиною обласної лікарні.
В 1963 р. обласна лікарня була переведена в нову будівлю (район Котів). Дитяче відділення розташувалося у двоповерховому корпусі на території обласної лікарні.
Лікарями на той час були Вікторія Миколаївна Чабанюк,
Ольга Аркадіївна Бабухадія, Любов Іллівна Шеремет,
завідувачкою – Алла Миколаївна Іванова.
Наприкінці 1952 року в приміщенні школи №2 відкривається міська дитяча лікарня на 75 ліжок. Функціонувало два відділення: соматичне (50 ліжок) та тубменінгітне (25 ліжок).
У 1957 році лікарня переїздить на вул. Куйбишева, 19 (нині – вул.Магістратська, обласна стоматологічна поліклініка).
Запрацювало 4 відділення: грудне, отоларингологічне, соматичне і тубменінгітне. Першими їх завідувачами були: Олександра Варфоломіївна Зайцева, згодом – Наталія Володимирівна Лугіна, Ілля Петрович Сизий, Віра Миколаївна Тернова та Галина Панасівна Сморчкова. Дитяче хірургічне відділення на 50 ліжок відкрилося в 1959 році. Організатором і першим його завідувачем був Віктор Петрович Брей.
З 1962 року лікарня була затверджена школою передового досвіду. Знайомитись з її діяльністю приїжджали спеціалісти з усіх республік колишнього Радянського Союзу.
Головним лікарем міської дитячої лікарні з 1953 до 1972 року була заслужений лікар України, кавалер ордена Леніна Клавдія Федорівна Масленнікова.
У 1973 році було збудовано комплекс будівель міської дитячої лікарні по вулиці Пирогова, 16. Дитяче відділення обласної лікарні стало складовою частиною міської лікарні.
З 1976 року міська дитяча лікарня має статус обласної.
Протягом тривалого часу лікарня була лідером серед дитячих лікувально– профілактичних закладів Радянського Союзу, школою передового досвіду МОЗ СРСР, учасницею Виставки досягнень народного господарства СРСР. На базі закладу неодноразово проводилися заняття організаторів охорони здоров’я як України, так і Радянського Союзу.
Головним лікарем з 1972 до 1987 року був Іван Федорович Моргун, кавалер орденів Вітчизняної війни другого ступеня, Трудового Червоного Прапора, «За мужність».
З 1987-2022 заклад очолював Олександр Панасович Карета, заслужений лікар України, кавалер ордена «За заслуги-3 ступеню». Високопрофесійний фахівець – лікар вищої категорії за спеціальностями (організація та управління охороною здоров’я, педіатрія та дитячі інфекційні хвороби), за особистий вагомий внесок у розвиток медичної галузі нагороджений почесними грамотами Міністерства охорони здоров’я України, Чернігівської обласної державної адміністрації та обласної ради, Управління охорони здоров’я. Був депутатом скликань обласної ради.
З квітня по серпень 2022 заклад очолював завідувач ортопедо-травматологічного відділення кандидат медичних наук, лікар вищої кваліфікаційної категорії за спеціальністю «дитяча ортопедія та травматологія» Микола Іванович Люткевич.
З вересня 2022 заклад очолила Тетяна Миколаївна Лебедєва, кандидат медичних наук, лікар вищої кваліфікаційної категорії за спеціальністю організація та управління охороною здоров’я, та дитяча алергологія.
